Desde o inicio de suas atividades, o melhoramento genético do algodoeiro foi a principal atividade da Embrapa Algodão. Na década de 80, passou a investir mais no desenvolvimento de variedades anuais de ciclo precoce como estratégia para a convivência com o bicudo-do-algodoeiro, praga que já causou enorme queda de produção do algodão no país. Na década de 90, a Embrapa Algodão passou a promover pesquisas para o desenvolvimento de cultivares de algodoeiro adaptáveis às condições do cerrado brasileiro.