A fundação da Abapa, no ano 2000, foi promovida por um grupo de produtores. A entidade é o reflexo de uma nova mentalidade produtiva, ao mesmo tempo em que aponta rumos para a atividade, com base em muito trabalho e pesquisa científica e de mercado. Sua missão é representar os interesses da cotonicultura no Estado da Bahia, de forma sustentável e integrada e, promovendo, assim, o algodão baiano nos mercados nacional e internacional.